VPN有许多优势，但是在实际应用中，总是遇到一些问题，主要原因是在中国大陆，存在网络情况复杂，使用者对计算机、网络技术缺乏了解，缺乏维护能力，而且网络拓扑往往比较复杂，需要配合管理关系，具体可以分类如下：

1．安装配置复杂

VPN往往需要和internet打交道，涉及防火墙、PPPOE拨号、DNS、DHCP、IP等信息。所以其他的VPN产品的设置和配置往往需要专业的工程师来进行配置。
而VPN的实施往往是异地、远程的情况比较多，这给配置又导致了新的困难。
配置一个传统的IPSEC,需要配置：隧道名称、本地ID、本地IP、对方IP、本地内网、对方内网、本地下一跳地址、VPN方式（隧道模式？）、加密方式（ESP?)、数据加密算法、传输认证算法、psk、IKE时间、key协商时间、PFS……
APN产品采用License独创技术，无需了解IPSEC的细节，可以在5分钟内设置完毕，建立VPN网络。

2．维护复杂

根据我们3年市场的统计经验，VPN的实施过程需要长期的维护的。因为涉及到客户的网络、上网管理能很多信息，实施之后，由于通讯受Internet这个载体来完成，所以可能受到网络、计算机病毒、黑客攻击等可能，所以维护的方便性就显得很重要。
传统的VPN一般不能快速定位用户的问题。例如动态IP的情况下，如何要求客户配合找到设备的地址？
传统的VPN产品需要客户具备设备维护能力，例如要求客户配合查询网络的情况？登陆设备进行配置？这些都要求使用者、维护者有一定的技术能力，能够熟悉IPSEC协议，了解Internet的相关技术等等。
传统的VPN产品无法做到事前预警。例如设备断线、隧道中断如何马上觉察？

3．功能设计

其他的VPN产品，主要是从防火墙、路由器发展而来，加入了VPN的通讯模块，这在普及上有一定困难。例如用户上网的时候，如需要配置用户组，上网流量的监控，QOS的分级设置，这需要VPN产品在功能设计上，以VPN为核心去考虑。

4．管理功能